1. 傑出論文獎 (IF>5.0者，共22名)
| 學院 | 單位 | 教師姓名 | IF | Ranking |
| 生命科學院 | 醫藥暨應用化學系 | 陳信允 助理教授 | 8.580 | 5.00% |
| 醫學院 | 臨床醫學研究所 | 章順仁 教授 | 8.111 |
3.85% |
| 醫學院 | 醫學研究所 | 戴嘉言 教授 | 7.818 | 6.06% |
| 醫學院 | 醫學系內科學科 | 黃志富 副教授 | 7.818 | 6.06% |
| 生命科學院 | 醫藥暨應用化學系 | 王麗芳 教授 | 7.365 | 3.39% |
| 生命科學院 | 醫藥暨應用化學系 | 王志光 副教授 | 7.365 | 3.39% |
| 醫學院 | 醫學系骨科學科 | 張瑞根 教授 | 7.332 | 7.69% |
| 醫學院 | 醫學研究所 | 王照元 教授 | 6.747 | 9.64% |
| 生命科學院 | 醫藥暨應用化學系 | 王英基 教授 | 6.342 | 7.69% |
| 醫學院 | 醫學系放射線學科 | 謝賜吉 助理教授 | 6.341、6.341 | 1.92%、1.92% |
| 生命科學院 | 生物醫學暨環境生物學系 | 鄭添祿 教授 | 6.341 | 1.92% |
| 醫學院 | 醫學系放射線學科 | 陳巧雲 助理教授 | 6.341 | 1.92% |
| 口腔醫學院 | 牙醫學系 | 王彥雄 助理教授 | 6.239 | 6.45% |
| 醫學院 | 醫學系小兒學科 | 蕭惠彬 助理教授 | 6.202 | 9.52% |
| 健康科學院 | 公共衛生學系 | 莊弘毅 教授 | 6.191 | 2.21% |
| 醫學院 | 呼吸治療學系 | 許超群 助理教授 | 5.527、5.168 | 9.30%、13.64% |
| 醫學院 | 醫學系小兒學科 | 洪志興 副教授 | 5.527 | 9.30% |
| 生命科學院 | 醫藥暨應用化學系 | 高佳麟 助理教授 | 5.420 | 7.02% |
| 健康科學院 | 職能治療學系 | 楊育昇 助理教授 | 5.398 | 3.03% |
| 健康科學院 | 職能治療學系 | 陳惠媚 講師 | 5.398 | 3.03% |
| 醫學院 | 醫學系泌尿學科 | 李永進 助理教授 | 5.393* | 8.77% |
| 醫學院 | 醫學系解剖學科 | 謝侑霖 助理教授 | 5.140* | 7.25% |
| 醫學院 | 臨床醫學研究所 | 郭柏麟 副教授 | 5.003* | 16.78% |
* 依據2008年JCR資料
2. 最佳研究貢獻獎 (11名)
| 學院 | 單位 | 教師姓名 |
| 醫學院 | 醫學研究所 | 顏正芳 教授 |
| 醫學院 | 醫學研究所 | 戴嘉言 教授 |
| 醫學院 | 醫學系內科學科 | 莊萬龍 教授 |
| 醫學院 | 醫學系內科學科 | 余明隆 教授 |
| 醫學院 | 醫學系生理學科 | 何美泠 教授 |
| 口腔醫學院 | 牙醫學系 | 陳玉昆 副教授 |
| 藥學院 | 藥學系 | 吳秀梅 教授 |
| 護理學院 | 護理學系 | 周汎澔 教授 |
| 健康科學院 | 公共衛生學系 | 楊俊毓 教授 |
| 健康科學院 | 公共衛生學系 | 莊弘毅 教授 |
| 生命科學院 | 生物醫學暨環境生物學系 | 鄭添祿 教授 |
3. 研究計畫經費最佳獎 (11名)
| 學院 | 單位 | 教師姓名 |
| 醫學院 | 臨床醫學研究所 | 余幸司 教授 |
| 醫學院 | 臨床醫學研究所 | 葛應欽 教授 |
| 醫學院 | 醫學系 | 王國照 教授 |
| 醫學院 | 醫學系醫學遺傳學科 | 卓夙航 教授 |
| 醫學院 | 醫學系生物化學科 | 洪義人 教授 |
| 口腔醫學院 | 牙醫學系 | 洪純正 教授 |
| 藥學院 | 天然藥物研究所 | 張芳榮 教授 |
| 護理學院 | 性別研究所 | 林津如 副教授 |
| 健康科學院 | 公共衛生學系 | 陳培詩 副教授 |
| 健康科學院 | 職業安全衛生研究所 | 吳明蒼 教授 |
| 生命科學院 | 生物醫學暨環境生物學系 | 鄭添祿 教授 |
4. 年輕教師研究傑出獎 (5名)
| 學院 | 單位 | 教師姓名 |
| 醫學院 | 臨床醫學研究所 | 郭柏麟 副教授 |
| 醫學院 | 醫學系皮膚學科 | 藍政哲 助理教授 |
| 生命科學院 | 醫藥暨應用化學系 | 陳信允 助理教授 |
| 醫學院 | 醫學系泌尿學科 | 黃書彬 副教授 |
| 醫學院 | 醫學系放射線學科 | 謝賜吉 助理教授 |
